V posebnih zbirkah hranimo približno šeststo knjižnih redkosti, ki predstavljajo slovensko pisno kulturno dediščino. Poleg starejših redkih izdaj hranimo tudi pomembne prevode slovenskih pesnikov in pisateljev, njihove prve ter številne bibliofilske in faksimilirane izdaje. Gradivo se večinoma nahaja v mikroklimatskem arhivskem depoju, v katerem so zagotovljeni optimalni pogoji hranjenja. Nekatere izdaje so digitalizirane in uporabnikom dostopne na portalu dLib.si.
Nekaj dragocenosti iz našega knjižnega trezorja:
najstarejša, rokopisna knjiga v novomeški knjižnici. Nastala je v srednjem veku v okviru samostanov kot prvih kulturnih središč v Evropi. Je verske vsebine, pisana v latinskem in nemškem jeziku.
je ena od petih v knjižnici hranjenih prvotiskov oziroma inkunabul, ki so nastajale v drugi polovici petnajstega stoletja po iznajdbi tiskarskega stroja. Natisnjena je bila v Nürnbergu leta 1481.
Eden od tisoč petsto izvodov, ki so bili leta 1584 natisnjeni v Wittenbergu na Nemškem. S prvim prevodom Svetega pisma v slovenščino je Jurij Dalmatin postavil temelje slovenskega knjižnega jezika in književnosti, Evropi pa dokazal, da je slovenski jezik dovolj razvit, da je vanj možnost prevesti tako zahtevno besedilo, kot je Biblija.
poleg prve izdaje hranimo v posebnih zbirkah tudi drugo izdajo tega Valvasorjevega dela, ki je zaradi opisa krajev, ljudi, njihovih navad in običajev danes neprecenljiv vir pri raziskovanju preteklosti. V letih 1877–1879 jo je ponatisnil novomeški tiskar Janez Krajec, ki je za izjemen tiskarski in založniški podvig na razstavi v Parizu prejel častno diplomo.
Med starejšimi slovnicami slovenskega jezika različnih jezikoslovcev hranimo tudi slovnico Franca Serafina Metelka, rojenega v Škocjanu na Dolenjskem, duhovnika, jezikoslovca ter pisca šolskih in nabožnih knjig.
Hranimo vse tri izdaje Prešernovih Poezij iz leta 1847, z akrostihom v Magistralu, brez akrostiha in izvod s tiskarskimi napakami ter vse kasnejše izdaje in prevode tega dela, med njimi tudi prevod v bengalski jezik.