Knjižnica se ponaša z izredno bogato zbirko domoznanskega ter starejšega, redkega in dragocenega knjižnega in neknjižnega gradiva, hranjenega v posebnih zbirkah. Zbirke se imenujejo po prvem upravniku knjižnice Bogu Komelju (1915–1981), ki je zbirke osnoval, jih vodil ter urejal. Tudi zaradi te kulturne zakladnice je novomeška knjižnica že od nekdaj prepoznavna v celotni Sloveniji kot tudi v mednarodnem prostoru.
Vse od ustanovitve knjižnice leta 1946 se knjižnična zbirka zlasti pisne in slikovne kulturne dediščine nenehno dopolnjuje in bogati. Po vsebini je to gradivo dragocen vir informacij za študij in preučevanje, za poglobljeno strokovno delo in raziskovanje različnih strok: literarne, umetnostne, kulturne zgodovine, etnologije, glasbe, ostalih humanističnih in drugih znanosti. To kulturno bogastvo je pomembno tako za Novo mesto, dolenjsko regijo in širše – predstavlja pomemben del slovenske nacionalne kulturne dediščine.
Posebej dragoceno gradivo v novomeški knjižnici je seveda najstarejše knjižnično gradivo, ki ima v skladu z zakonom, ki ureja varstvo kulturne dediščine, lastnosti kulturnega spomenika. To je vse knjižno in neknjižno gradivo, nastalo pred letom 1800.
Raznovrstno gradivo posebnih zbirk predstavljamo tudi na spletnih portalih kot sta Kamra, tj. digitalizirana kulturna dediščina slovenskih pokrajin, in Digitalna knjižnica Slovenije – d.Lib ter na mednarodni spletni platformi umetniških del in ostalega dragocenega, redkega in starejšega gradiva partnerskih kulturnih organizacij po vsem svetu Google Arts & Culture.
Pri oživljanju kulturne dediščine in navdušujočih možnostih nove dobe je zelo pomemben tudi naš odnos do originalnega gradiva – njegovega hranjenja, varovanja in zaščite. S tem je krog sklenjen – pogumno naprej v prihodnost, vendar z znanjem, odgovornostjo in spoštovanjem preteklosti. Leta 2009 smo v prenovljenem starem delu knjižnice uredili mikroklimatski arhiv posebnih zbirk, s katerim smo najstarejšemu in najbolj dragocenemu gradivu zagotovili optimalne pogoje hranjenja.
